Khoa Nội tổng hợp được thành lập năm 1959. Năm 1959 khoa Nội tổng hợp được thành lập với tên là Khu E. Năm 1980 Khu E được đổi tên thành khoa Nội 3. Năm 2007 khoa Nội 3 được đổi tên thành khoa Bệnh cơ hội. Năm 2014 khoa được đổi tên thành khoa Nội tổng hợp cho đến nay.