Khoa Tiêu hoá được thành lập cùng với sự ra đời của Bệnh viện Nhi Trung ương năm 1969. Kết hợp với Tổ chức Y tế thế giới nghiên cứu chương trình CDD quốc gia và tiêu chảy kéo dài năm 1991 – 1996; Kết hợp với trường Đại học Y Hà Nội, SAREC nghiên cứu bệnh viêm loét dạ dày tá tràng ở trẻ em