Khoa Nội Thận tiết niệu được thành lập từ năm 1981 sau khi Viện bảo vệ sức khỏe trẻ em được tách ra từ Bệnh viện Bạch mai với 25 giường bệnh điều trị Nội khoa các bệnh Thận tiết niệu. Từ năm 2004 Đơn vị thận nhân tạo được thành lập với 4 máy thận nhân tạo và hai máy home choice. Khoa đã áp dụng phương pháp Thẩm phâm phúc mạc chu kỳ đầu tiên ở trẻ em Việt Nam. Đồng thời năm 2004 ca ghép thận ở trẻ em Việt Nam đầu tiên cũng được tiến hành tại Bệnh viện Nhi Trung ương.