Bác sĩ Nguyễn Ngọc Sơn nguyên là bác sĩ khoa Tiêu hóa - Gan mật tại Bệnh viện Bạch Mai trong 5 năm. Sau đó bác sĩ đi tu nghiệp và làm việc 6 năm trong lĩnh vực tiêu hóa - gan mật tại nhiều bệnh viện lớn ở Pháp: Bệnh viện Đại học Henri Mondor, Bệnh viện Đại học Lariboisière, Bệnh viện Đại học Beaujon,  Bệnh viện Đại học Ambroise Paré tại Paris và Bệnh viện Đại học Côte de Nacre – Caen.

Bác sĩ Nguyễn Ngọc Sơn lấy bằng đại học nội soi tiêu hóa và hậu môn trực tràng học - Trường Đại học Strasbourg, Pháp năm 2008. Đồng thời, bác sĩ Sơn cũng được đào tạo chuyên sâu về tiêu hóa - gan mật tại Trường Đại học Paris 12, Đại học Paris 5 và Đại học Caen. Bác sĩ cũng đã có các chứng chỉ chuyên gia đào tạo Fibroscan của Echosens - Paris, chứng nhận đào tạo chẩn đoán và điều trị ung thư dạ dày sớm của Nhật, chứng nhận đào tạo siêu âm nội soi của Hiệp hội Nội soi Đông Nam Á.