Trong quá trình nghiên cứu sinh và làm tiến sĩ tại Trường Y - Đại học Kobe (Nhật Bản), bác sĩ Trường là một trong số rất ít bác sĩ nước ngoài được tham gia hoạt động lâm sàng cùng bác sĩ Nhật Bản tại đây. Tiến sĩ - Bác sĩ Trường có rất nhiều công trình nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực Ung thư gan - Viêm gan - Xơ gan - Ung thư dạ dày - Viêm loét dạ dày tá tràng đã công bố trên các Tạp chí Y học. Trong đó có nhiều công trình đã công bố trên các Tạp chí Y học quốc tế được đăng tải trên Website chính thức của Thư viện Y học quốc gia Hoa Kỳ. 

Bác sĩ Trường là tác giả đưa ra một nhánh phân loại mới của thế giới về protein CagA của vi khuẩn Helicobacter pylori. Công trình này cho đến nay đã có hàng chục nghiên cứu của các tác giả trên thế giới trích dẫn trong nghiên cứu. Ông là tác giả đầu tiên nghiên cứu vai trò của dấu ấn sinh học PIVKA-II trong bệnh lý ung thư gan tại Việt Nam. Cùng với AFP, PIVKA-II và AFP-L3 hiện nay đang dần được áp dụng rộng rãi trên thế giới trong lâm sàng sàng lọc – chẩn đoán và đánh giá hiệu quả điều trị ung thư gan. Cùng với một số tác giả Việt Nam, Nhật Bản, Hàn quốc, Trung quốc, Myanmar, Thái lan, Bangladesh ông tham gia viết sách “Helicobacter pylori infection in Asia”. Sách được xuất bản tại Nhật Bản. Bác sĩ đã có nhiều bài tham luận tại các hội nghị khoa học trong nước và quốc tế, có khả năng sử dụng ngoại ngữ tốt trong chuyên môn. Bác sĩ Bùi Xuân Trường đã vinh dự nhận giải nhất giải thưởng VIFOTEC Việt Nam năm 1993.

Bác sĩ Bùi Xuân Trường có thể kết hợp các kinh nghiệm thực tiễn và có nhiều kiến thức, hiểu biết chuyên sâu trong cả lĩnh vực khoa học cơ bản và y học cơ bản. Do đó, bác sĩ có khả năng vận dụng tốt các kiến thức y học mới vào thực tiễn công tác khám chữa bệnh ở Việt Nam.