Sau gần 10 năm đi qua các chuyên khoa sâu của Nhãn khoa: Giác mạc, Chấn thương, Đáy mắt, năm 2000, Bác sĩ Trần Hải Yến tham gia khóa đào tạo phẫu thuật viên LASIK tại Trung tâm Mắt quốc gia Singapore. Bác sĩ Yến là một trong những phẫu thật viên khúc xạ đầu tiên tại Việt nam, là người tham gia tạo dựng khoa khúc xạ đầu tiên của Việt nam tại Bệnh viện Mắt Thành phố Hồ Chí Minh với vai trò Trưởng khoa Khúc xạ từ năm 2000 đến 2010. 

Năm 2010, sau khi nhận học vị Tiến sĩ Y khoa, Bác sĩ Yến đảm nhiệm trọng trách Phó Giám đốc Bệnh viện Mắt Thành phố Hồ Chí Minh để tiếp tục cống hiến cho sự phát triển của ngành Mắt Việt Nam. 

Năm 2015, sau khi được phong hàm Phó giáo sư, Bác sĩ Hải Yến chuyển công tác về Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch để tham gia công tác giảng dạy và đào tạo đội ngũ tương lai.

Là người tích cực tiếp cận và triển khai các kỹ thuật tiên tiến vào ngành nhãn khoa Việt nam, PGS. TS Trần Hải Yến là người mở đường và phát triển nhiều ứng dụng công nghệ cao trong lĩnh vực phẫu thuật khúc xạ như EpiLASIK, FemtoLASIK, SMILE, ICL.... Với kinh nghiệm của trên 30.000 ca phẫu thuật trong gần 20 năm qua, tâm nguyện và phấn đấu hết mình cho công việc chuyên môn, và đào tạo, chuyển giao kiến thức và kinh nghiệm cho các thế hệ trẻ, PGS. TS Trần Hải Yến hy vọng sẽ đóng góp vào sự phát triển của ngành nhãnkhoa Việt nam và mang lại niềm vui, hạnh phúc người bệnh.